Ardzinba volvió a Sujum y fue el director del Instituto del Idioma, Literatura e Historia de Abjasia desde 1987 hasta 1989, cuando fue elegido diputado para el Soviet Supremo de la URSS por Gudauta.[4] Ardzinba consiguió consolidar su poder relativamente rápido, y se retractó de sus promesas de incrementar la representación georgiana en las estructuras autónomas georgianas que había prometido durante la elección.Desde ese momento, Ardzinba intentó gobernar Abjasia desde un bando, pero evitando en el tiempo, entrar en abierto conflicto con la autoridad central de Tiflis.[8] Instauró un régimen autocrático[9] y permaneció políticamente intocable hasta que su salud se deterioró seriamente en 2003.No apareció en público desde 2002, tomando cada vez mayor papel protagonista el presidente del gobierno Raul Jadyimba.No fue capaz de presentarse para un tercer mandato debido a las limitaciones constitucionales, aunque su salud tampoco lo hubiese permitido.
