Sin embargo, su padre, que había prometido pagar su educación, murió repentinamente dejando a la familia en circunstancias financieras difíciles.

Después de renunciar al cargo, se desempeñó como Secretario Imperial hasta su nombramiento como Ministro de Finanzas en 1904.

[1]​ Renunció al año siguiente cuando su ex superior en el Ministerio de Finanzas, Witte, asumió la presidencia del Consejo de Ministros.

Aunque no era un ministro, jugó un papel importante en la obtención de un préstamo que evitó que el gobierno imperial tuviera que devaluar su moneda y abandonar el patrón oro.

Kokóvtsov sucedió a Stolypin como Presidente del Consejo de Ministros después del asesinato de Stolypin en 1911,[2]​ mientras también mantenía su puesto como Ministro de Finanzas, y ocupó ambos cargos hasta su retiro en 1914.