La Virgen Comendadora de la Merced fue originalmente emplazada en el coro de la Casa Grande de la Merced Calzada (actual Museo de Bellas Artes), siendo por ello denominada «Virgen del Coro»,[1]​ aunque también acabaría siendo conocida como «Virgen del Rayo» debido a que durante una tormenta un rayo impactó en el coro y provocó serios daños en los bienes del convento, quedando intacta la imagen de la Virgen.

[2]​ La talla siguió conservándose en el mismo lugar tras la expropiación del inmueble en 1835 con motivo de la desamortización de Mendizábal,[3]​ aunque no en su emplazamiento original, pasando a custodiarse en la capilla del museo.

[11]​ La imagen, de 1,75 metros de alto y realizada en madera policromada, dorada y estofada, luce un rostro maduro aunque dotado de formas suaves y redondeadas, en el que destacan una boca entreabierta, un pequeño hoyuelo en el mentón, una nariz prominente y unos ojos casi cerrados con la vista dirigida al suelo.

La melena presenta raya al medio y caída a ambos lados de la cara, posándose delicadamente sobre los hombros y el tórax, donde se forman marcadas ondulaciones.

La Virgen, quien parece inclinarse hacia delante, se halla sentada en un trono a imagen y semejanza del relato de la aparición experimentada por San Pedro Nolasco, ataptándose la capa a la hechura del asiento y del respaldo en vez de mostrar una caída libre.