Se encuentra en un pequeño valle entre el volcán Teuhtli y la Sierra de Chichinauhtzin a 2,700 m s. n. m. La historia de Villa Milpa Alta se remonta a la época prehispánica, cuando fue fundada por los momoxcas.

Ellos establecieron una población que llamaron Malacachtépec Momoxco (AFI: [malakaʃ'tepek mo'moʃko]), que quiere decir en español Lugar de altares rodeado de cerros.

Villa Milpa Alta fue escenario de la proclamación del Plan de Milpa Alta en 1919 por parte de los agraristas que apoyaban a Emiliano Zapata en la Revolución mexicana.

La principal actividad económica en la región es el cultivo del nopal.

En temporada de lluvia, la cocina local incorpora una gran variedad de hongos comestibles que son recolectados en los bosques que se encuentran en las inmediaciones.