[4] Permaneció en el cargo hasta 1982, subordinado en los años más crudos del terrorismo de Estado a Adolfo Servando Tortolo, vicario general de las Fuerzas Armadas y dos veces presidente de la Conferencia Episcopal Argentina.
[4] Bonamín siempre fue un hombre ligado a las Fuerzas Armadas de Argentina, institucional e ideológicamente.
[4] Bonamín, al igual que Adolfo Tortolo y el arzobispo de La Plata Antonio J. Plaza eran ultraconservadores que abiertamente apoyaban a la cúpula militar y justificaban la supresión de las guerrillas, aún mediante el uso de torturas.
[5] El obispo Bonamín tenía por costumbre trasladar a su diario personal el relato de los hechos, encuentros y reflexiones de su vida cotidiana.
En 2016, el sociólogo Ariel Lede y el historiador Lucas Bilbao publicaron Profeta del genocidio: El Vicariato castrense y los diarios del obispo Bonamín en la última dictadura, un estudio sobre la vinculación un sector de la Iglesia católica con el terrorismo de Estado en Argentina, que toma como fuente testimonial los diarios del obispo entre 1975 y 1976.