Está situada en el extremo norte del país, siendo una de las cuatro esquinas centroafricanas.

Tiene fronteras con Chad y Sudán.

Linda con las prefecturas de Bamingui-Bangoran y Haute-Kotto al sur.

En Vakaga se encuentran dos de los tres parques naturales de los que cuenta el país: St.

Floris, que también está en Bamingui-Bangoran, y el P.N.