Ayala comenzó su carrera en el Sport Colombia de la ciudad de Fernando de la Mora, Paraguay, a una muy temprana edad, debutando en el año 2006 por el equipo, jugando en la Tercera División de Paraguay aquel momento, consiguiendo el año 2007 el ascenso a la Segunda División del país guaraní.
Previamente, a nivel local conquistó el título de campeón del torneo Clausura 2010.
Para la temporada 2018 firma por tres temporadas con el Barcelona Sporting Club, el equipo más popular del Ecuador, debutó en la florida cup 2018 en la victoria 3 a 2 frente al Legia, el actual campeón de la Liga Polaca de Fútbol y disputó su primer partido como titular en la misma Florida Cup en la victoria 3 a 1 frente a Fluminense demostrando gran solidez dentro del campo del juego, para así terminar invicto en la competición y obtener el vicecampeonato en este torneo de preparación.
El 11 de noviembre de 2011, Ayala disputó su primer encuentro con la camiseta albirroja teniendo una actuación destacada al dar las asistencias para los dos goles con los que su equipo venció a Ecuador por 2:1, en partido válido por las eliminatorias para el Mundial 2014.
[2] Fue convocado para la Copa América Centenario para reemplazar al lesionado Néstor Ortigoza.