Sucedió al interventor Alejandro Bramer Markóvic, en enero de 1997.

Según cuenta una anécdota, en 1994 el presidente Menem había ordenado que quería que el PAMI estuviera a cargo de Alderete, pero su secretario general Eduardo Bauzá malinterpretó el nombre y puso en el cargo a Carlos Alderete.

[3]​ En 1997, anunció al asumir el cargo que la deuda del PAMI ascendía a 1200 millones de pesos/dólares.

[5]​ Otra de sus primeras propuestas fue la creación de «aldeas geriátricas» en el interior del país,[6]​ proyecto que fue ampliamente rechazado y no se concretó.

[8]​[9]​ También sufrió dos paros generales de las clínicas que trabajaban para el PAMI, dando atención a los jubilados,[10]​ En octubre de 1999, Alderete ya acumulaba 17 causas judiciales en su contra.