En sus inicios la nueva Universidad era pequeña, teniendo como máximo unos 50 estudiantes y varios profesores.

Sin embargo, esta situación cambió a fines del siglo XVI.

Un concilio eclesiástico en Upsala (Uppsala möte) en 1593 decidió así restaurar los privilegios de la universidad.

Conjuntamente con su asesor principal, Axel Oxenstierna, Gustavo II Adolfo proveyó de beneficios a la universidad, económicos y administrativos.

Esto significa que estudiantes de la misma región se unían para poder ayudarse los unos a los otros y para cooperar en las actividades sociales universitarias (orquestas, compañías de teatro, clubes deportivos, etc.).

Entre sus logros está el reconocido teatro anatómico en el centro del Gustavianum, en ese entonces un nuevo edificio frente a la catedral.

Hoy en día este edificio es un museo de ciencias e ideas, el Museum Gustavianum.