Fue la segunda universidad fundada en el Reino de Hungría, y la primera que se creó en lo que hoy es Eslovaquia.
La universidad ya no está activa, y la más recientemente fundada Universidad Comenius de Bratislava, en 1919, se considera su sucesora.
Se fundó en 1465 de la mano del papa Paulo II, por encargo del rey Matías Corvino de Hungría.
Numerosos docentes de fama de Austria, Italia y Polonia ejercieron en la universidad, entre ellos Galeotto Marzio y el posteriormente arbozispo húngaro Juan Vitéz.
La universidad se cerró en 1490 tras la muerte del rey Corvino, por falta de fondos.