El «Studium» fue reconocido por el papa Clemente VI en 1349, y autorizado para otorgar grados académicos.
En 1364 el «Studium» se convirtió en universidad imperial, pero en 1473, cuando Lorenzo el Magnífico tomó el control de Florencia, fue trasladado a la Universidad de Pisa.
Carlos VIII lo devolvió entre 1497 y 1515, aunque otra vez se trasladó a Pisa cuando los Médici retomaron el poder.
En 1859 la ahora Universidad fue bautizada como «Istituto di Studi Pratici e di Perfezionamento», y un año después fue reconocida como universidad por el gobierno unificado de Italia.
En 1923 el «Istituto» fue finalmente denominado «universidad» por el Parlamento de Italia.