Durante la Primera Intifada, el líder palestino Yaser Arafat promulgó un decreto en septiembre de 1991 para crear una universidad nacional palestina.
[5] Abrió sus puertas en 1991 con sólo dos facultades: la Facultad de Educación y la Facultad de Sharía y Derecho (actual Facultad de Derecho).
La Facultad de Ciencias Médicas Aplicadas se creó en otra etapa del desarrollo de la universidad, en 1997, para satisfacer las necesidades sanitarias de la comunidad palestina.
En 2007 se abrió la Facultad de Odontología para mejorar la atención sanitaria bucodental de la comunidad palestina.
Dos edificios, el auditorio y la Facultad de Artes y Ciencias Humanas, fueron financiados por el Fondo Saudí para el Desarrollo, anexándose al nuevo campus de Al-Mughraqa.