Upsala, además, representa un importante sitio histórico para la cultura e identidad nacional sueca, e incluso para el surgimiento de la actual nación, ya sea en términos de historiografía, literatura, política y música.

Muchos aspectos de la cultura académica del país se originaron en Upsala, como por ejemplo, el birrete blanco.

La iniciativa en el asunto se le atribuye al arzobispo de la Iglesia Católica Sueca, Jakob Ulvsson.

La nueva casa de estudios era pequeña, teniendo como máximo 50 alumnos y varios profesores.

Entre 1520 y 1530, el nuevo monarca sueco Gustavo I llevó a cabo la reforma luterana, lo que significó que la universidad, dependiente de la Iglesia católica, perdiera su base económica e ideológica.

Sin embargo, esta situación cambió a fines del siglo XVI, cuando el clero protestante había ganado un dominio sólido en la enseñanza de la religión y sintió la necesidad de centrarse en los estudios desde un enfoque más académico, para contrarrestar la reforma católica.

Junto con su principal asesor, el canciller Axel Oxenstierna, Gustavo II proporcionó muchos subsidios a la universidad, tanto en lo económico como en lo administrativo.

A la universidad llegaron profesores del extranjero, y el número de estudiantes aumentó.

Así, ya por la mitad del siglo, se produjo un florecimiento de las ciencias naturales en la universidad.

A mediados de siglo, las tendencias nacionalistas escandinavas tuvieron también una fuerte influencia en los alumnos, la cual se dejó sentir tanto en Upsala como en otras ciudades universitarias.

A las mujeres se les permitió estudiar en la Universidad al empezar la década de los 1870s.

Durante este periodo, la universidad albergó a muchos eruditos prominentes, con algunos de ellos laureados con el Premio Nobel.