El nombre de Sofía viene del griego sophia que significa "sabiduría".

El nombre en japonés, Jōchi daigaku, literalmente se traduce como "Universidad de la Gran Sabiduría".

La escuela fue reconocida como universidad por primera vez en 1928, pero su historia se remonta hasta la época de la llegada de San Francisco Javier a Japón, en 1549.

Javier mostró su interés en aquel momento por fundar una universidad en la capital japonesa.

Originalmente era el campus de la Escuela Seibo, una universidad católica especializada en enfermería.

Desde finales de la década de 1970, hubo un aumento en personas que no eran aspirantes a sacerdotes pero que deseaban estudiar teología como estudiantes generales.