Su hijo Mukhriz Mahathir fue Menteri Besar (gobernador) del estado de Kedah desde 2013 hasta 2016.

Con el pasar del tiempo, Mahathir convirtió en un crítico estridente de su sucesor elegido personalmente Abdullah Ahmad Badawi en 2006 y más tarde, Najib Razak en 2015.

Para cuando se realizaron las primeras elecciones federales tras la independencia, Mahathir ya era presidente de la seccional del partido en Kedah.

Sin embargo, fue finalmente candidato a diputado por la Alianza en las elecciones federales de 1964, las primeras desde la unificación del estado malasio.

[14]​ Elegido para el parlamento en un período político volátil, Mahathir, como diputado del gobierno, se lanzó al conflicto principal del día: el futuro de Singapur, con su población china grande y económicamente poderosa, como un estado de Malasia.

A pesar de su prominencia como diputado, en las elecciones federales de 1969 al presentarse a la reelección, Mahathir fue derrotado por un muy estrecho margen por Yusof Rawa, líder del PAS, en lo que sería su única derrota electoral en toda su carrera política.

Esta sería la única vez que no enfrentaría oposición a la hora de renovar su presencia legislativa.

[21]​ En este último puesto, implementó una "política de industrias pesadas", estableciendo un HICOM, una corporación controlada por el gobierno, para invertir en el desarrollo a largo plazo de sectores manufactureros como la industria automotriz indígena.

No obstante, cuando Hussein renunció al poder debido a su mala salud en 1981, Mahathir lo sucedió sin oposición y con su bendición.

Ambos eran gobernantes activos de sus propios estados e Iskandar solo unos años antes había sido condenado por homicidio.

Después de cinco meses, la crisis se resolvió, cuando Mahathir y los sultanes acordaron un compromiso.

[36]​ Mahathir también persiguió activamente la privatización de empresas gubernamentales desde principios de los años ochenta, tanto por razones económicas liberales como por perseguidores contemporáneos como Margaret Thatcher, y porque consideró que, combinado con la acción afirmativa para los bumiputeras, podría brindar oportunidades económicas para negocios bumiputeras.

Simultáneamente, el vice primer ministro Musa Hitam dimitió de su cargo y se unió a la línea interna de Razaleigh, citando diferencia irreconciliables y una supuesta paranoia del primer ministro.

Mahathir respondió realizando una purga en su gabinete que, en la práctica, consistió en expulsar del gobierno a todos los relacionados con el Equipo B.

La línea interna respondió iniciando un litigio, lo cual molestó a Mahathir, que había tenido problemas con la cada vez más independiente judicatura desde su ascenso al poder.

[44]​ Habiendo sobrevivido a la crisis política al menos temporalmente, Mahathir se movió contra el poder judicial, temiendo una apelación exitosa del Equipo B contra la decisión de registrar a UMNO Baru.

Mahathir luego suspendió a Salleh por "mal comportamiento y conducta", aparentemente porque la carta era una violación del protocolo.

Temprano durante su mandato, un pequeño desacuerdo con el Reino Unido sobre las tasas de matrícula universitarias provocó un boicot de todos los productos británicos dirigidos por Mahathir, en lo que se conoció como la campaña "Buy British Last" (Última Compra Británica).

Aunque la disputa fue luego resuelta por la primera ministra Margaret Thatcher, Mahathir continuó enfatizando los modelos de desarrollo asiáticos sobre los occidentales contemporáneos.

Visión 2020 estuvo acompañado por el reemplazo del NEP, la Política Nacional de Desarrollo (NDP, por sus siglas en inglés), según la cual algunos programas gubernamentales diseñados para beneficiar exclusivamente a los bumiputeros se abrieron a otras etnias.

[51]​ El gobierno de Mahathir recortó los impuestos corporativos y liberalizó las regulaciones financieras para atraer la inversión extranjera.

En 1998, Mahathir revirtió este curso de política desafiando al FMI y su propio diputado, Anwar.

Malasia se recuperó de la crisis más rápido que sus vecinos del sudeste asiático.

[57]​ En su segunda década en el cargo, Mahathir nuevamente se encontró luchando contra la realeza de Malasia.

[59]​ Sin embargo, Mahathir continuó respaldando a Anwar como su sucesor hasta que su relación colapsó dramáticamente durante la crisis financiera asiática.

Sus posiciones divergieron gradualmente, con Mahathir abandonando las estrictas políticas monetarias y fiscales impulsadas por el FMI.

[60]​ A medida que surgieron más denuncias, se realizaron grandes concentraciones públicas en apoyo de Anwar.

[61]​ En otro juicio poco después, Anwar fue sentenciado a otros nueve años de prisión por una condena por sodomía.

[66]​ Se comprometió a dejar la política "completamente", rechazando un papel emérito en el gabinete de Abdullah.

[81]​[82]​ Para entonces, la respuesta del primer ministro al fortalecimiento opositor había sido aumentar la represión interna.