El deán Juan Gualberto Valdivia y el clérigo Manuel Fernández fueron los encargados de redactar los primeros estatutos, mientras que José Fernández Dávila fue elegido como primer rector.Actualmente la UNSA cuenta con 18 facultades, 46 escuelas profesionales, 92 segundas especializaciones, 75 maestrías y 20 doctorados en las áreas de ingeniería, ciencias sociales y biomédicas.La mayoría de sus escuelas y facultades están ubicadas en la Ciudad Universitaria de Independencia cuyo desarrollo fue ideado por el arquitecto Héctor Velarde en 1940, pero no se materializó hasta 1962, momento en que la universidad se descentralizó y se mudó a este nuevo emplazamiento.Destaca por su simetría en la disposición de elementos y pabellones, lo cual ha influenciado el desarrollo de un estilo arequipeño con características neocoloniales, que ha tenido un impacto en otros centros educativos en Perú y América Latina.[13] La universidad tiene varios centros y institutos de investigación en diferentes áreas.
Aula Magna "Simón Bolívar" auditorio principal de la Universidad Nacional de San Agustín de Arequipa ubicado en el área de Biomédicas
El Aula Magna "Simón Bolívar" tiene capacidad para 500 personas
Museo de la Universidad Nacional de San Agustín de Arequipa
Vista aérea de la Facultad de Medicina de la UNSA
Sala de Rectores de la UNSA antes sala de colaciones
Puerta de ingreso al área de sociales de la UNSA, al fondo el estadio
Área de Sociales, pabellones de Psicología y Ciencias de la Comunicación