[10]​ La Universidad Islámica sufrió daños por ataques aéreos israelíes durante los conflictos de 2008-2009, 2014 y 2023-2024.

[13]​[14]​ En los territorios palestinos ocupados por Israel no existieron universidades ni instituciones de educación superior en hasta 1972.

[15]​[16]​ Hasta ese momento, los graduados de secundaria palestinos tenían que cursar la educación superior en el extranjero, principalmente en universidades egipcias y jordanas.

La libertad académica de la universidad quedó restringida y el movimiento del personal estuvo limitado por la Orden Militar 854.

A diferencia de las universidades israelíes, a la Universidad Islámica de Gaza se le concedió una licencia temporal que requería renovaciones anuales y se le negaron exenciones fiscales.

[25]​[30]​ Un portavoz del ejército israelí dijo a The Chronicle of Higher Education que Hamás estaba utilizando las instalaciones universitarias para desarrollar y almacenar armas, incluidos cohetes Qassam.

Se trataba de edificios civiles, educativos, y la Misión no encontró ninguna información sobre su uso como instalación militar o su contribución a un esfuerzo militar que pudiera haberlos convertido en un objetivo legítimo a los ojos de las fuerzas armadas israelíes».

La universidad hizo un llamamiento a los académicos y a las instituciones de educación superior y de derechos humanos locales, regionales e internacionales para que se manifestasen contra los ataques.

[38]​ El campus vecino de la Universidad Al-Azhar también fue bombardeado durante la misma noche.

[37]​ Según The Chronicle of Higher Education, la Universidad Islámica de Gaza fue cofundada en 1978 por el jeque Ahmed Yassin, que años después fundaría el grupo paramilitar y partido político palestino Hamás.

[40]​ En 2006, Jameela El Shanty, profesora de la universidad, dijo que «Hamás construyó esta institución.

Sin embargo, hay pocas pruebas sólidas que respalden cualquiera de estas acusaciones».

La UIG es una universidad como cualquier otra en los Territorios Palestinos que refleja la diversidad de su población».