Fue fundada por el episcopado polaco por iniciativa del revereno Idzi Radziszewski, quien también fue el primer rector de la Universidad.
La Universidad participó en la educación clandestina secreta en Lublin, Varsovia, Kielce, Jędrzejów y Nawarzyce.
La KUL pronto se convirtió en una universidad no deseada en la Polonia comunista.
A los exalumnos de la KUL se les negó empleo en puestos estatales.
El tratamiento por parte del gobierno de la KUL como una institución con ánimo de lucro la obligó a pagar altos impuestos y, debido a los retrasos en los pagos, se confiscaron edificios y propiedades universitarias.
En 1982, se estableció el Instituto Papa Juan Pablo II para realizar investigaciones sobre su enseñanza y poner sus obras a disposición de un público más amplio.
Un año después se colocó un monumento a Juan Pablo II y al cardenal Stefan Wyszyński en el patio de la universidad.
Después de que se declarara la ley marcial, varios trabajadores y estudiantes fueron internados por funcionarios del gobierno.
Después de los cambios políticos en 1989, debido a la inflación y la recesión económica, la KUL se encontraba en una situación financiera crítica.
Al mismo tiempo, se llevó a cabo una intensa tarea para obtener subvenciones del gobierno.