Como universidad autónoma es un organismo público, descentralizado del Estado, basada en los principios de libertad de cátedra y de investigación, se haya inspirada en todas las corrientes del pensamiento, sin tomar parte en actividades militantes o que tengan relación con algún partido político.

[2]​ El aumento de la demanda por ingresar a las carreras que se ofertaban y la mejora de la enseñanza superior en la Entidad fueron los motivos para que las autoridades del Instituto y el Gobernador del Estado presentaran ante la Cámara de Diputados, la iniciativa para la transformación del Instituto en Universidad.

En el artículo segundo de la citada ley, se establecen como finalidades de la Universidad las siguientes: a) Formar bachilleres, profesionales, investigadores y técnicos útiles a la sociedad y en general impartir la educación superior.

Durante ese año, la Universidad del Estado de Morelos ofertó opciones educativas en dos niveles: Debido a que no se contaba con instalaciones propias, cada uno de los programas educativos que ofrecía la Universidad, se impartieron en espacios geográficamente dispersos, situación que impedía contar con una identidad institucional.

Dichos terrenos contaban con la construcción de dos edificios, originalmente pensados para establecer el Colegio Militar.

Carlos Celis Salazar la universidad tuvo un avance en sus funciones administrativas con la reorganización del departamento encargado de atender la demanda e ingreso.

Este instituto inicialmente atendió el área agrícola, ofertando las siguientes carreras: Un año después integra y ofrece 3 nuevas opciones educativas en el área de las Ciencias Sociales y Administrativas: Para 1987, el instituto incorporó a su oferta educativa 2 programas más: En septiembre de 1985 nace el Instituto de Ciencias de la Educación (ICE), primer instituto de la universidad cuyo fin es formar a las y los profesionales educativos.

También dependía del ICE el Centro de Lenguas (CELE); tiempo después se separaría el CELE y la licenciatura en Filosofía se movería a la entonces Facultad de Humanidades.

Del ICE han surgido personajes relevantes en el campo educativo del estado de Morelos, como es el Dr. Miguel Ángel Izquierdo Sánchez, quien fue subsecretario de Educación Media Superior del estado; la primera doctorada de la universidad la Dra.

En el sexenio 1988-1994 se impulsó la planeación estratégica en las funciones académico-administrativas.

Este sexenio enfrentó la problemática de concentrar la mayor parte de la matrícula en las carreras más demandadas: Contaduría pública, Administración, Arquitectura, Derecho, Medicina y Psicología, por lo que se propuso la creación de un segundo Instituto regional que estaría ubicado en la zona sur del Estado.

René Santoveña Arredondo, se transformaron los ambientes de aprendizaje, teniendo como eje vertebral al estudiante y el entorno en el que se forma.

Los estudios que ofrece la institución en el nivel medio superior son: Los estudios de licenciatura y posgrado están organizados en 6 dependencias de Educación Superior.

Un porcentaje importante de profesores/as por asignatura, tienen como principal actividad profesional la docencia, sin que se encuentren habilitados, en muchos casos, para ejercerla adecuadamente.

Las y los 42 estudiantes de posgrado que realizaron sus tesis en este centro de investigación fueron apoyados con becas por los siguientes organismos: CONACYT, PROMEP, SEP, SER, FOMIX y SEMARNAT.

El personal docente del CEIB, participó en diversos eventos nacionales e internacionales entre quienes destacan: Así mismo, a nivel nacional e internacional, 15 profesores de tiempo completo (PTC), participaron como árbitros; 16 como evaluadores de proyectos; 5 obtuvieron el reconocimiento del PROMEP; 5 ingresaron al Sistema Nacional de Investigadores: (uno como candidato, cuatro con nivel uno).

Elaboración del proyecto y producción de la nueva imagen del programa 2008 que incluye: promocional, cortinillas, entrada, salida, selección de música, voz.

También se participó en el Primer Foro Iberoamericano de Ciudades Verdes y la Primera Feria Ambiental Agenda XXI, co-organizada por el PNUMA / FLACAM / Ayuntamiento de Cuernavaca / UAEM / PASA.

Se llevó a cabo el convenio CIICAp- CONTINENTAL para impartir la maestría en Ingeniería y Ciencias Aplicadas a personal de Continental de Cuautla.

Un ejemplo es que los PTC de más alto nivel tengan dificultades para impartir clases en licenciatura, o que cuando lo hacen, no atiendan a los estudiantes de los primeros semestres.

El Centro de Investigación en Ciencias Cognitivas (CINCCO) es responsable por los programas educativos de Maestría (nivel PNPC: Consolidado) y Doctorado (nivel PNPC: Reciente creación) en Ciencias Cognitivas, sendo el primero centro de investigación en México específicamente dedicado a las ciencias cognitivas y cuyos programas educativos son igualmente pioneros en el área en México, y son uno de los pocos posgrados en ciencias cognitivas de América Latina.

Futuramente se incluirá el área de Cognición Social.

Cuenta con siete Profesores Investigadores de Tiempo Completo directamente administrados bajo este centro.

Fueron 11 las y los maestros fundadores de la institución e inició sin un director propuesto, el primero en ocupar este cargo fue Sergio Eduardo Aguilar Sánchez, quien permaneció ahí hasta 1995.

En el año 2002, al plantel educativo se le denominó Campus Sur.

En este mismo año se realizaron los festejos del XXV aniversario de la institución[7]​