Sin embargo, adquirió la autonomía completa hasta diciembre de 1943.

La palabra "Autónoma" no sería parte del nombre de la Universidad sino hasta tiempo después.

Sin embargo, esta estructura nunca prosperó, derogándose en 1988 con la Ley Orgánica que actualmente la rige.

[1]​ Del tímpano que corona el edificio del Centenario Instituto de Ciencias y Artes del Estado emerge vigoroso un potente brazo, rama del árbol secular, sosteniendo el emblema Universitario simbolizado por una lámpara, cuya luz ilumina al mundo con fulgores que destruyen la sombra, significando así que la Universidad es redondez translúcida, donde la luz penetra sin dejar zonas ocultas, a su esplendor, donde la ciencia no podrá prevalecer sobre el espíritu ni el espíritu sobre la ciencia, porque ambos son expresión del mismo pensamiento, donde todo vive sostenido por el equilibrio imperturbable del cosmos, sin declinaciones laterales.

El desiderátum de la Universidad compendia una trilogía de ideas-fuerza “Ciencia, Arte, Libertad” que forman su lema y definen su trayectoria y su destino a través del tiempo.

Ciencia: Queremos ante todo la verdad científica, por encima de prejuicios raciales, políticos, religiosos o sectarios.

[2]​ La UABJO se consolida a futuro como una institución educativa de renombre en el mundo entero, conservando su calidad en estudios y ofertando enseñanza de acreditación limitada y responsable, para complacer a la población oaxaqueña, abrirá carreras a nivel técnico superior universitario, clases en línea a distancia en internet, y muchas otras diversas formas de titulación, para así brindar un mejor servicio y ponerse al alcance de un mundo global.