La Universidad Andina del Cusco fue fundada el 5 de octubre de 1979 por Antonio Callo Cáceres, Néstor Bustos Silva, monseñor Luis Vallejos Santoni y César Cornejo Foronda.

Posteriormente, la Ley N° 24637, promulgada el 17 de diciembre de 1986 aumentó el número a ocho licenciaturas: Administración y Contabilidad, Derecho, Economía, Ingeniería Industrial, Psicología, Servicio Social y Turismo.

El 2 de febrero de 1994 se instala la Asamblea Universitaria y en uso de sus atribuciones procede a elegir a sus autoridades, siendo elegido como primer Rector el Dr. Mario Escobar Moscoso, y como Vicerrector Académico el Dr. Alfredo Noriega Díaz; con posterioridad se hizo una reforma al estatuto considerando dos Vicerrectorados, habiéndose elegido como Vicerrector Académico el Dr. Augusto Correa Castro y como Vicerrector Administrativo al Dr. Néstor Bustos Silva.

Por renuncia de este último lo suple en el cargo en Dr. Antonio Callo Cáceres.

El 26 de junio de 2001 la Asamblea Universitaria en uso de sus atribuciones elige para el periodo 2001- 2006 a sus autoridades, siendo elegido como Rector el Dr. Augusto Correa Castro, Vicerrector Administrativo el Economista Hugo Francisco Flores Yábar y Vicerrector Académico la Magíster Carmen Rosa Araoz Fernández.

La Universidad Andina del Cusco actualmente ofrece servicios a la población cusqueña en: Clínica Odontológica “Luis Vallejos Santoni”, Clínica Materno Infantil, un Centro de Idiomas y un Centro Educativo de Aplicación Andina del Cusco.

Del total de 92 universidades licenciadas en el Perú,[3]​ la Universidad Andina del Cusco se ha ubicado regularmente dentro de los cincuenta primeros lugares a nivel nacional en determinados rankings universitarios internacionales.