Sus dos siguientes temporadas, 99/00 y 00/01, las jugó en Preferente, quedando en ambas ediciones en el tercer puesto de la clasificación final.

En la temporada 2.002/03 el equipo debuta en el Grupo XII de la Tercera División, sería el primer y único, hasta la fecha, club herreño en llegar a categoría nacional.

Ese mismo año perdió la categoría y volvió a Preferente.

Los derbis más importantes de la Isla del Hierro son sin duda los que enfrentan a la Unión Deportiva Valle Frontera con el Atlético Pinar.

En los últimos años también ha tenido varios enfrentamientos con el Isora Club de Fútbol y el At.Restinga.