Fundado en 1971, actualmente juega en Tercera Federación (grupo 9), celebrando sus partidos como local en el Estadio Juan Manuel Azuaga, con capacidad para 2.000 espectadores.

Tras jugar varios años en la Regional Preferente, el club entró en inactividad en 2014, volviendo sólo un año después.

Tras permanecer inactivo de nuevo en 2016, Torre del Mar volvió a la acción en 2017 bajo el nombre de Torre del Mar Fútbol Club, e inmediatamente logró el ascenso desde la Tercera División Andaluza.

El club volvió a su anterior denominación y logró otros tres ascensos consecutivos para alcanzar una división nacional por primera vez en su historia.

[5]​ En enero de 2024, el club fue comprado por Daniel Pastor, antiguo administrador concursal del Málaga CF, junto a un grupo de empresarios también vinculados a la fundación del CD Málaga 1903.