En 1970 Udo Lattek, el entrenador del Bayern de Múnich, fichó a Hoeneß, que permanecería en la escuadra bávara durante una década.
En su última temporada fue cedido al FC Nuremberg, donde se esperaba que pudiera disponer de minutos, pero su recuperación fracasó.
Hoeneß mantuvo su ficha federativa como amateur hasta 1972, lo que le permitió participar en los Juegos Olímpicos de ese año.
Formó parte de la selección olímpica alemana junto con el más tarde entrenador del Bayern, Ottmar Hitzfeld.
El equipo alemán no se clasificó para las semifinales del torneo debido a una derrota en cuartos por 2-3 contra la Alemania Oriental, partido en el que Hoeneß marcó su único gol del torneo.
He encargado a mis abogados que no interpongan recurso.
El Bayern es el trabajo de mi vida y siempre estará ahí.
Quiero agradecer a mis amigos y a los seguidores del FC Bayern el apoyo que me han prestado durante este duro trance."