El buque, operó a lo largo de la costa del Pacífico de Sudamérica hasta el 26 de mayo, cuando partió del Callao, Perú, con rumbo a las islas del Pacífico Sur.
Vigilando los intereses americanos de la industria ballenera, y el comercio, recaló en las Marquesas, la Islas de la Sociedad, Nueva Zelanda, y en las Islas Hawái.
Yorktown arribó a Mazatlán antes de volver al sur para retomar sus operaciones, primeramente al Callao y Valparaíso; el 23 de septiembre de 1842, partió del Callao con rumbo a San Francisco, a donde llegó el 27 de octubre.
Seis días después, fue dado de baja.
Aunque el buque se partió en poco tiempo, no hubo bajas humanas en el naufragio.