La versión oficial suponía que el sumergible había caído bajo las cargas de profundidad del destructor británico HMS Wolverine, aunque investigaciones posteriores creen que realmente pudo ser destruido por el ataque combinado de las corbetas británicas HMS Camellia y HMS Arbutus.

Tras evaluar los riesgos y calcular el tiro, Prien disparó 4 torpedos que fallaron los blancos.

Al alejarse del lugar, el sumergible embarrancó, siendo localizado y atacado por buques de escolta británicos, causándole algunos daños a los motores.

El día 29 hundió al mercante británico SS Empire Toucan (4421 trb) y el 30 de junio al buque griego SS Georgios Kyriakides (4201 trb).

El 6 de septiembre localizó al convoy SC2 y a primera hora de la mañana del día 7 hundió a los buques británicos SS Neptunian (5155 trb), SS José de Larrinaga (5303 trb) y al buque noruego SS Gro (4211 trb).

El 9 de septiembre echó a pique al mercante griego SS Possidon (3840 trb).

Tras disparar todos sus torpedos, el U 47 realizó labores meteorológicas, localizando al convoy HX72 el 20 de septiembre.

El 2 de diciembre atacó y hundió al buque belga que iba muy rezagado SS Ville d'Árlon (7555 trb) y una hora más tarde dañaría al buque cisterna británico MV Conch (8376 trb), que también recibiría el impacto de tres torpedos lanzados por el U 95 y que finalmente sería hundido por el U 99.

También torpedeó y dañó al buque cisterna británico MV Diala (8106 trb).

El 6 de marzo divisó al convoy OB293 y Prien comenzó a acecharlo.

A primera hora del día 7 torpedeó y dañó al ballenero británico SS Terje Viken (20 638 trb) y al buque cisterna de la misma nacionalidad MV Athelbeach (6568 trb), que después serían hundidos por el U 99.

Se estima que fue hundido por las corbetas británicas HMS Camellia y HMS Arbutus, clase Flower (especialistas en lucha antisubmarina), mientras escoltaban al mencionado convoy OB 293 por la ruta del sureste de Islandia Ninguno de los 45 marinos sobrevivieron.

El ataque tuvo lugar en la zona de Rockall Banks en el Mar del Norte, en las coordenadas: 16°00′N 19°00′O / 16.000, -19.000 (U-47 (ship)).