[i replace a dead link to live link 1] En el siglo VI, Jesé, uno de los trece padres asirios, llevó a cabo aquí sus actividades.
En los siglos XVII y XVIII, Tsilkani se vio muy afectado por los Taresh de los turcos, kizilbash y especialmente los lezguinos.
En 1770, Tsilkani era considerada una ciudad y en ella vivían 700 familias.
[4] En el pueblo se encuentra la catedral de Tsilkani, construida por primera vez en el siglo IV y reformada a lo largo de su historia.
La carretera militar georgiana pasa cerca del pueblo.