Al principio el sistema empezó a usar tranvías Siemens–Duewag U2 construidos en Alemania, similares a los de Edmonton y Calgary en Alberta, Canadá, y al igual que en Fráncfort del Meno, Alemania.
El servicio desde El Cajón a Santee, que para ese entonces no operaba en la vía de derecho del ferrocarril SD&AE, empezó a operar en agosto de 1995.
La línea verde actualmente tiene servicios que conectan a 12th & Imperial Transit Center y Santee.
Anteriormente la gente le llamaba "La línea Este", y mantuvo ese nombre aun cuando hubo varias extensiones sucesivas, como en la Calle Spring, El Cajon Transit Center, Bayside en el downtown y en Santee Town Center.
Los servicios entre Gillespie Field y Santee Town Center fueron reemplazados por la Línea Verde en 2005.
La Línea Azul actualmente opera entre San Ysidro y Old Town.
Esta línea operaba con trenes para eventos especiales como los eventos deportivos del Petco Park (que operan desde 12th & Imperial Transit Center; la entrada principal del parque en 10th & Imperial) y el Estadio Qualcomm (que tiene una estación), al igual que convenciones seleccionadas y otros acontecimientos importantes de la ciudad.
Estos trenes operaban entre el Estadio Qualcomm hasta 12th & Imperial Transit Center en el centro de San Diego.
Con la nueva extensión de la línea Azul, planeada para el sistema; tendrá 8 nuevas estaciones, en la que se conectaría con la Universidad de California, San Diego, y se estima que abran en 2015.
Debido a que las líneas Azul y Naranja usan las vías, es probable que el servicio de la línea Plata no funcione durante las horas pico; sin embargo, operaria al mediodía y durante los fines de semana.