El Tribunal Superior está compuesto por cinco Magistrados Numerarios y un supernumerario; su presidencia recae en uno de los numerarios que es electo, de entre sus miembros, por un período de tres años.
Los Tribunales Unitarios están a cargo de un Magistrado Numerario.
Los Magistrados Agrarios son designados por el Senado de México a propuesta del Presidente de México.
Con la reforma a la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos llevada al cabo en 1992, fue creada una nueva institucionalidad conformada por los Tribunales Agrarios, la Procuraduría Agraria, el Registro Agrario Nacional y el Fideicomiso "Fondo Nacional de Fomento Ejidal".
En 2019, la propiedad social en México comprendía 29,787 ejidos y 2,406 comunidades agrarias, ocupando un total de 99 millones 729 mil 008 hectáreas (82 millones 291 mil 058 en ejidos y 17 millones 437 mil 950 en comunidades), que conforman el ámbito de competencia de los Tribunales Agrarios.