El TCE forma junto al Consejo Nacional Electoral la Función Electoral, la cual "garantizará el ejercicio de los derechos políticos que se expresan a través del sufragio, así como los referentes a la organización política de la ciudadanía".

Esto debe garantizar más transparencia, imparcialidad y participación ciudadana.

Esta separación tiene vastas consecuencias, si se considera que los ciudadanos y los sujetos políticos pueden recurrir de las decisiones del Consejo Nacional Electoral y sus órganos desconcentrados ante el Tribunal Contencioso Electoral, es decir, que el Tribunal podrá juzgar y sancionar a estos órganos cuando sus decisiones sean impugnadas judicialmente; proporcionando, de esta manera al ciudadano una instancia jurisdiccional imparcial, independiente y especializada en materia electoral.

El TCE tiene entonces tres funciones principales, siendo la primera solucionar los problemas contra el Consejo Nacional Electoral y demás entidades políticas.

El TCE es además la última instancia de la jurisprudencia electoral y sus fallos deben ser cumplidos inmediatamente.