Los dos bandos acordaron buscar la ratificación del papa Paulo III y del emperador Federico III, pero los polacos decidieron (y los teutones aceptaron) que esta confirmación no sería necesaria para que el tratado fuese válido.
Aunque la Prusia Occidental fue subordinado al rey polaco en forma de unión personal, surgieron más tarde algunas discordias en cuanto a ciertos privilegios mantenidos por la Prusia Real.
El gobierno de la región deseaba, contrariando al reino polaco, continuar emitiendo su propia moneda, celebrar reuniones de sus propios estados, mantener su ejército separado y utilizar en la administración el alemán.
Cuando a los prusianos se les negó el derecho de nombrar obispos en la Prusia Real, los representantes de esta decidieron no ocupar los lugares que tenían reservados en el Sejm.
El Sacro Imperio Romano Germánico continuó reivindicando suprema soberanía sobre la región y garantizó la posesión de Prusia al siguiente gran maestre, Walter von Cronberg y a todos los que le sucedieron en el cargo.