Un primer ferrocarril local fue construido en 1895 por la Damaraland Guano Company con fines comerciales.

El primer ferrocarril público, y el núcleo del sistema actual, fue construido por el gobierno colonial alemán.

El Desert Express es un tren turístico que une Windhoek y Swakopmund.

El Museo del Ferrocarril TransNamib está situado en Windhoek.

[1]​ A principios de 2011, la línea principal Karasburg - Ariamsvlei fue dañada por inundaciones repentinas, al igual que parte de la línea Seeheim-Lüderitz y los servicios fueron suspendidos.