Cuando los enemigos mueren, dejarán caer espíritus en la zona de la pantalla donde fueron derrotados.

Cuando el indicador esté lleno, el jugador puede activar el modo trance, que dura diez segundos, y le dará mayor potencia de disparo, inmunidad al daño y mayores puntos por recolectar espíritus.

Grandes cantidades de espíritus comienzan a aparecer por todo Gensokyo, y la protagonista (el personaje del jugador) sale e investigar.

La protagonista trata de continuar, pero se encuentra con Seiga Kaku, quien resucitó a Yoshika y la usó como guardia del mausoleo.

Tras ser derrotada, Seiga menciona que el templo fue construido para prevenir la resurrección de alguien.

En la mitad de la quinta etapa, la protagonista encuentra a Soga no Tojiko, la cual es derrotada rápidamente.

Al final de la quinta etapa, la protagonista se encuentra con Mononobe no Futo.

Los espíritus se reunieron ahí para ver la resurrección de una santa, ésta siendo Miko, a la cual el jugador derrota.

Luego, en la etapa extra, la protagonista investiga alrededor del templo Myouren y se encuentran a Nue Houjuu, quien está molesta porque Miko ha resucitado.