Perfect Cherry Blossom presenta tres diferentes personajes jugadores para escoger, con dos tipos de ataque cada una.
Otros cambios importantes en la jugabilidad que se introdujeron en Perfect Cherry Blossom son la visualización de la hitbox del personaje jugador mientras se esté enfocando (al mantener la tecla ⇧ Mayús presionada), cambiar las propiedades del disparo del jugador según si se está enfocando o no, y un cursor útil en el margen inferior durante una batalla contra un jefe el cual dice al jugador donde está actualmente ubicado el jefe.
Sólo en Perfect Cherry Blossom es donde hay un «Phantasm Stage» después del «Extra Stage», el cual es una versión más difícil del nivel extra y contiene la conclusión final de la historia de Perfect Cherry Blossom.
Las tres heroínas, cada una con su propia razón, fueron afuera para hacer algo sobre este invierno extendido.
La heroína derrota a Youmu y se dirigen de inmediato a Hakugyokurō (白玉楼), donde el árbol está, para conseguir que la primavera de Gensokyo regrese.
Yuyuko y la heroína se enfrentan en una batalla feroz, para conseguir la última «primavera» contenida en la heroína que necesita para el florecimiento perfecto, y para reclamar la primavera de Gensokyo, respectivamente.
Unos días más tarde, Yuyuko le pregunta a la heroína por un favor.
Yuyuko pide a la heroína encontrar a su amiga, quién estaría preparándose para el evento de ver flores durante ese tiempo, y recordarle que debe reparar la frontera.
En cambio, la heroína se encuentra a Chen, la jefa del nivel 2, otra vez.
La versión presenta música de fondo y diálogos cambiados para el nivel fantasma.