[2]​ Tenía al menos catorce hermanos, incluyendo el soldado Juan Domínguez de Mendoza.

[3]​ Domínguez III de Mendoza se unió el ejército español en su juventud.

Mendoza se casó dos veces: su primer matrimonio fue con Catalina López Mederos en 1641, con quien tuvo seis hijos: Tomé IV, Antonio, Juana, Francisco (quién murió en la rebelión de los indios de Nuevo México), Juan Mateo y Diego (ambos fueron heridos igualmente en la misma guerra).

El segundo sería con Ana Velásquez en, con quien tendría dos nuevos hijos: José y Juana.

Mendoza aprovechó esto para su evangelización y hacerles trabajar para él como manera de "compensación parcial" por las deudas a deber a la Corona española por varios servicios que la corona les proporcionaba, tales como protección.