Fue designado gobernador y comandante militar del Estado de México por Benito Juárez.
Más tarde se desempeñó como prefecto del Valle de México bajo el gobierno francés.
Debido a su anterior afiliación con Juárez, O'Horán nuevamente se puso del lado de Juárez contra el Imperio francés y los imperialistas mexicanos que apoyaban a Maximiliano.
Durante la batalla, su amigo liberal Antonio Taboada le preguntó a O'Horán si le gustaría cambiar de bando, alegando que si lo hacía, México alcanzaría la estabilidad económica, social, cultural pero por el momento se negó.
Sin embargo, después de que las fuerzas republicanas evacuaron el centro de México y en una situación laboral difícil, O'Horán desertó al Ejército Imperial Mexicano y logró sofocar los disturbios en Tlalpan.