[1] En 1549, al llegar a la edad adulta, se aprobó "la restitución de la sangre del Señor Thomas Percy".
Tras la ascensión de la Reina Isabel I, el conde, cuya lealtad a la Iglesia Católica era conocida, fue mantenido en el Norte, mientras que el Parlamento aprobaba medidas anti-católicas.
El conde, junto al conde de Westmorland escribió al papa pidiendo consejo, pero antes de que su carta llegara a Roma los hechos le precipitaron a tomar acción contra su voluntad.
[1][5] Su cuerpo decapitado fue enterrado en el ahora demolido iglesia de Santa Cruz en York.
[6] Como su único hijo había muerto sin sucesión masculina, el condado pasó a su hermano menor Henry Percy, VIII conde de Northumberland (encarcelado y muerto en prisión en 1585 por apoyar a María de Escocia).