Aunque siguió el consejo de su padre, Mary murió en Walden en 1578, sin tener descendencia.

[1]​ Lord Thomas comandó la Golden Lion en el ataque de la Grande y Felicísima Armada.

[5]​ En 1591, fue enviado a las Azores con un escuadrón para abordar los barcos españoles que transportaban oro de América.

Howards escapó con las naves, excepto la Revenge, comandada por el vicealmirante Sir Richard Grenville, la cual fue destruida, y cuyo capitán fue herido de muerte.

La presión que esta sentía por las ideas políticas de su marido implicaría una fricción conyugal posteriormente.

Ese día, su cuñado, Sir Thomas Knyvet, guardián de palacio, descubrió la pólvora y el complot colapsó.

Somerset, su yerno, le sucedió como Lord Chamberlain, mostrando como la familia de Suffolk dominaba la corte.

En 1611, se vio obligado a vender Charterhouse, la residencia familiar en Londres, que fue reemplazada cuando heredó Charing Cross del conde de Nothampton.

Al convertirse en Lord Tesorero en 1614, pudo con ventas y tratos mejorar su situación económica, aunque esto no bastó.

Se considera que toda esta situación inestable ayudó a su caída.

En octubre de este año, el matrimonio junto a su cómplice, Sir John Bingle, Remembrancer del Échiquier fueron procesados por distintos cargos en la Cámara Estrellada.

Fueron condenados a pagar £30,000, y ser prisioneros bajo las condiciones que el rey decidiese.

Aunque Suffolk further irritated James by legal manoeuvres to avoid seizure of his property, Buckingham se mostró magnánimo con su rival sin poder y le consiguió una audiencia con el rey, que disminuyó la multa a £7000.