Durante esa etapa analizó las filosofías de David Hume, Spinoza, Platón y George Berkeley.

Ziehen publicó alrededor de 450 títulos sobre psicología, neurología, anatomía etcétera.

Es muy conocido su importante libro de texto Die Geisteskrankheiten des Kindesalters (Mental Diseases of Childhood), sobre las patologías nerviosas infantiles, porque era uno de los primeros tratados sistemáticos sobre psiquiatría infantil.

Otra obra importante fue Psychiatrie für Ärzte und Studirende, que alcanzó cuatro ediciones entre 1894 y 1911.

En efecto, estuvo muy imbuido de los principios del Positivismo y llamó binomismo a la relación psicofísica.