Apasionado de la música, se inició con la flauta dulce, pasando rápidamente a la flauta travesera, construyéndose él mismo su propio instrumento, que copió de un ejemplar fabricado en Dresde.
Numerosos conciertos en Alemania, Francia y Suiza le proporcionaron fama, pero sus ingresos no eran suficientes como para mantener a su creciente familia.
En Inglaterra, donde los flautistas eran muy solicitados, se hizo amigo del famoso flautista Charles Nicholson, cuya fuerte y robusta sonoridad le empujó a nuevos experimentos y estudios de acústica, que seguirá en la Universidad de Múnich.
El nuevo instrumento fue patentado en 1847, y pronto Theobald concede licencia de fabricación a los mayores productores europeos (entre otros Rudall, Carte and Rose en Inglaterra, Godefroy Ainé y Louis Lot en Francia), iniciándose así la irresistible extensión de su sistema.
Las flautas modernas se fabrican, todavía hoy y sin apenas variaciones, con sus modificaciones.