Estudió ruso y administración de gobierno en la Universidad Cornell y deseaba trabajar en relaciones internacionales hasta que fue rechazada en un trabajo en el Departamento de Estado.

Respondió entonces a un anuncio clasificado para trabajar como editora de cine.

[1]​ Schoonmaker ha trabajado con el director Martin Scorsese durante más de cincuenta años.

A lo largo de su carrera ha recibido seis nominaciones a los Premios Óscar, y ha ganado tres veces (por las ediciones de Toro salvaje, El aviador y The Departed).

Estuvo casada con el director de cine británico Michael Powell.