La ciudad de Lima, entonces la capital del Virreinato del Perú, sufrió una gran destrucción, aunque solo se contabilizaron nueve muertos en toda el área afectada.
Muchas edificaciones de Lima quedaron seriamente dañadas, entre ellas la Catedral y el Palacio virreinal, cuyas habitaciones altas y bajas se cuartearon.
El mismo virrey debió salir a la calle, y dejando a su esposa con unas criadas en su calesa, se dirigió a la casa arzobispal, reuniéndose con el arzobispo Melchor de Liñán y Cisneros, con quien recorrió la ciudad, encontrando en todas partes ruinas y lamentaciones de la gente.
Luego se dispuso que se derribaran los muros que ofrecían peligro y se hicieran los trabajos de reconstrucción del Palacio virreinal y de la Catedral, labores todas que se pudieron culminar antes de terminar el periodo del virrey (que dejó el poder en manos del arzobispo).
Solo se contabilizaron 9 muertos en Lima, Callao y Chancay, aunque si hubo muchos lesionados.