Dado que las reacciones incubadas en el aparato son en soluciones acuosas, suelen incluir una placa de tapa calentada constantemente a 103 °C para evitar la condensación de agua en las tapas de los tubos donde ocurre la reacción, y así evitar que los solutos se concentren, lo que modificaría las condiciones óptimas para la enzima polimerizante y la termodinámica del apareamiento de los iniciadores.
Desde sus inicios, esta tecnología se ha ido desarrollando para adaptarse a las distintas necesidades, por ejemplo existen termocicladores en los cuales los ciclos no producen evaporación de la mezcla (utilizando gotas de aceite mineral), otros que permiten realizar varios programas al mismo tiempo y otros que permiten trabajar a temperaturas diferentes, y muchos otros más.
Desde hace algunos años varias compañías que fabrican y comercializan estos aparatos han cambiado la resistencia eléctrica por la tecnología Peltier aprovechando las propiedades de los semiconductores.
Este material ofrece mejor uniformidad en la temperatura y rampas de incremento y decremento de la temperatura mucho más pronunciadas, obteniendo mejores resultados en los procesos del PCR.
Muchos instrumentos en los laboratorios pueden provocar ciertos accidentes, y el termociclador no es la excepción: