El Campeonato se jugó entre marzo y diciembre de 2006, en cinco fases.

Entregó un cupo de ascenso a la Primera B, obtenido por Municipal Iquique, campeón del Torneo, y, dado que no existe una división inferior, no se ha consideró descenso.

En el primer grupo jugaron San Marcos de Arica, Universidad Arturo Prat, Municipal Alto Hospicio y Deportes Tocopilla, mientras que en el segundo lo hicieron Revisora Ormazábal, Municipal Iquique, Universidad de Tarapacá y Cooferro.

Los ganadores llegaban a la final, en la cual, también en partidos de ida y vuelta, definía al equipo clasificado a la segunda fase del Torneo de Apertura.

No obstante perder con Colchagua, Deportes Valdivia clasificó como mejor perdedor a semifinales.

A los ganadores se les asignaban tres puntos de bonificación para el Torneo de Clausura, mientras que a los perdedores se les asignaba un punto.