La Temporada 1999 del Campeonato Mundial de Superbikes fue la duodécima temporada del Campeonato Mundial de Superbikes FIM.
La temporada comenzó el 28 de marzo en Kyalami y terminó el 10 de octubre en Sugo después de 13 rondas.
Carl Fogarty ganó el campeonato de pilotos, su cuarto título, y Ducati ganó el campeonato de constructores.