Su construcción inició en 1803 y reemplazó al antiguo inmueble que se usaba como misión, lugar que anteriormente había fundado el explorador y padre Eusebio Francisco Kino en 1692, como parte de las misiones jesuíticas en el desierto de Sonora.
La iglesia posee un estilo barroco en su fachada y torres.
En 1695 en ése sitio se estima que fue martirizado el sacerdote Francisco Javier Saeta asignado por Kino a la misión.
La construcción actual inició en 1803, que reemplazó a la antigua construcción que había fundado Kino.
Actualmente es catalogada Monumento Histórico por el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) para su preservación.