El rey Bhupatindra Malla encargó su construcción, que comenzó en diciembre de 1701 y terminó a los seis meses.

Aunque el templo en sí no presenta un gran significado religioso para los lugareños, se emplea como un símbolo de la ciudad.

[1]​ Antes de finales del siglo XX, apenas se sabía nada sobre el templo Nyatapola, incluida la deidad a la que está dedicado.

[10]​ La construcción se completó en un corto período de seis meses principalmente porque todos los materiales necesarios ya estaban preparados.

Cada composición de este tipo fue una vez pintada con colores brillantes, pero en la actualidad solo se pueden discernir restos descoloridos del original.