El inicio de la obra fue modesto: entre 1447 y 1449 se le añadieron a la primitiva iglesia medieval dos nuevas capillas en el lado sur, y más tarde, c 1450 Leon Battista Alberti concibió la idea de renovar completamente la apariencia exterior e interior del templo.

En el mismo lugar está documentada la existencia de otra iglesia llamada Santa María in Trivio, referenciada desde el siglo IX.

La iglesia original tenía una planta rectangular, sin capillas laterales, y con una única nave con tres ábsides.

Este artista es también el autor de un crucifijo que en la actualidad se encuentra en el ábside derecho.

De hecho no se había proyectado ningún símbolo cristiano, cosa inaudita en aquellos tiempos.