Su inició en la política fue como gobernador de su estado natal desde 1987 a 1991.Antes, en 1988 había colaborado activamente en la fundación de su partido, el PSDB, del cual es presidente nacional.Sin embargo, en el 2002 se enfrentó a su partido al apoyar al candidato presidencial del Partido Popular Socialista, Ciro Gomes, en vez de a José Serra, candidato de su partido.Lúcio Alcântara (PSDB) le acusó de apoyar a Cid Gomes (PSB, hermano de Ciro Gomes).Jereissati aumentó más la polémica al anunciar que seguiría apoyando a Ciro Gomes si se presenta a las elecciones del 2010.
