Para ello iniciaron una guerra civil que duró 26 años, con atentados y combates entre el gobierno y la principal guerrilla que buscaba su independencia: los Tigres de Liberación de Eelam Tamil.
En las siguientes elecciones el SLFP volvió a ganar con pequeña minoría, pero en 1965 el UNP recobró el poder (también por escaso margen) y Tiruchelvam, líder del partido federal, fue nombrado ministro de gobierno local (1965-68).
Bandaranaike triunfó por mayoría de dos tercios y ya no necesitó a los federales que evolucionaron hacia posiciones más separatistas.
En 1975 se fundó en Londres el Eelam Revolutionary Organisation of Students u Organización Revolucionaria Eelam de Estudiantes (EROS) dirigido por Eliyathamby Ratnasabapathy, quien inició su actividad armada en el este del país colaborando con los musulmanes cingaleses.
La organización no pudo reorganizarse y fue absorbida por los Tigres hacia 1986, cuando su líder, Sri Sabaratam, fue asesinado por un comando del LTTE.
En 1988 constituyó un gobierno provisional de las provincias del Noreste dirigido por Vardharaja Perumal.
En 1980 nació otro grupo, el People's Liberation Organisation of Tamil Eelam (PLOTE, Organización para la Liberación del Pueblo de Tamil Eelam) dirigido por Karthiragamar Uma Maheswaran alias Mukundan que antes fue presidente de los Tigres (1977-80) y que abandonó por divergencias con su líder.
Por la misma época surgió la Tamil Eelam National Army (TENA, Ejército Nacional de Tamil Eelam) dirigida por Bagirathan Ravi, hijo del líder del TULF, Amirthalingam.
El Presidente cingalés Premadasa fue asesinado por un tamil el 1 de mayo de 1993 y tras un periodo provisional se celebraron elecciones en 1994 que dieron la victoria a la Alianza del Pueblo (sucesora del SLFP).
El LTTE organizó una administración completa en los territorios bajo su control, con un ejército con unidades navales y aéreas.
Aunque el gobierno cingalés, buscando el apoyo internacional, le acusa de terrorismo (para lo cual los servicios secretos cometen algunos actos que luego atribuyen a los Tigres a los que también se imputan los actos terroristas de otros grupos) se trata de una organización puramente política y militar, donde todos los militantes combatientes lo hacen con uniforme y en batallas convencionales.